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一、旷工一天，扣三天工资，公司这样的规定是否合法呢？
司法实践中的主流意见，认为是不合法。
为什么不合法呢？
员工旷工一天，公司可以不支付这一天的工资，这个在法律上是没有任何问题的，也就是说，旷一扣一，OK。
但是，员工旷工一天，公司扣三天的工资，也就是多扣了员工两天的工资。实质上，多扣员工这两天的工资，会被认定为是因为员工违纪，单位对员工的罚款。
实务中认为，罚款，是行政处罚手段之一，只有国家机关在法定权限内才有权对行政相对人进行罚款，即体现“法无授权不可为”的基本原则。公司是没有罚款权的。
所以，主流意见认为，公司对员工旷一扣三，没有法律依据。
我们可以看到，各地大量的司法判决都认定了公司这样的规定是违法的。
比如：
佛山市南海区人民法院“（2016）粤0605民初14173号”民事判决认为：被告（即公司）按原告（即员工）旷工一天扣三天工资来计算原告的工资没有法律依据。
上海市黄浦区人民法院“（2016）0101民初991号民事判决”认为：对于被告（即公司）规定的旷工一天扣三天工资的做法是否恰当，值得商榷。仲裁委认定被告对员工一天旷工扣三天工资的做法不妥，应按扣一天工资计算，本院对此不持反对意见。
东莞市第二人民法院“（2014）东二法民一初字第674号”民事判决认为：对于原告（即公司）主张被告（即员工）12月21日至23日没有上班属旷工，应按照“每旷工一天扣三天工资”的规定扣工资，由于“每旷工一天扣三天工资”的约定缺乏法律、法规依据，本院不予支持。
……
所以，千万不要在规章制度中规定旷一扣三，这样的规定是不合法的。
聪明的做法是变扣为不发。
也就是：对员工的工资结构进行拆分，从中拆分出一部分作为考勤的绩效考核工资以及全勤奖，一旦员工员工有旷工的事实来，我们就可以少发甚至于不发这部分的绩效考核工资和全勤奖。
二、旷工三天，视为自动离职，OK吗？
答案是不OK，理由如下：
（一）劳动合同法规定的劳动合同的解除情形，只有这三类：单位单方面提出解除合同，双方协商一致解除合同，劳动者单方面提出解除合同。根本没有劳动合同自动解除的情形。
法条链接：
原劳动部办公厅《关于自动离职与旷工除名如何界定的复函》
三、《关于企业职工要求“停薪留职”问题的通知》（劳人计〔1983〕61号）第二条、第六条中规定的职工要求停薪留职，未经企业批准而擅自离职的，或停薪留职期满后一个月内既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，企业对其按自动离职处理，是指企业应依据《企业职工奖惩条例》有关规定，对其作出除名处理。为此，因自动离职处理发生的争议应按除名争议处理。
法条解读：
按照该复函的规定，企业对员工按自动离职处理，并不是企业什么都不要去做，而是企业要对员工作出除名（现在称做解除劳动合同）的处理。
所以，自动离职，并不是全自动的，还是要企业手动操作的，要对员工作出解除劳动合同的决定并予以通知。
（二）员工连续旷工三天以上，公司怎么处理呢？
1、规章制度中要规定：员工连续旷工三天，视为严重违反劳动纪律或用人单位规章制度，公司有权予以解除劳动合同。该规章制度要依民主程序制定，并且还要公示或告知劳动者。
2、当员工连续旷工三天后，先向其事先确认的送达地址邮寄送达一份《返岗上班通知书》，催告其已连续旷工三天，并要求其返回公司正常上班，告知公司有权对其连续旷工三天的事实进行违纪处分。因为公司对员工有管理职责，如果员工连续旷工三天了，公司都不管不问，实务中可能会认为公司没有尽到这个管理职责。
3、《返岗上班通知书》发出后，员工绝大多数情况还是不予理睬的（个别情况，即使理睬返岗上班了，也已经旷工三天了），这时，公司再依据规章制度的规定做出解除劳动合同的处理，如果建立工会的，记得要通知工会。江苏地区的，如果公司没有成立工会的，还要通知公司所在地的基层工会组织。
4、向员工邮寄送达《解除劳动合同通知书》，在EMS 上要注明所寄文件《解除劳动合同通知书》。
这样处理，既尽到了公司作为用人单位的管理职责，也履行了解除劳动合同的相关程序，避免了劳动关系处于不确定状态或违法解雇的法律风险。
